Ils sont les plus utilisés en laboratoire et les plus sûrs, car ils utilisent des barres agitatrices qui peuvent être désinfectées. Ces types de mélangeurs sont composés d'une plaque avec un magnet ou une série d'électro-magnets, disposés dans leur forme circulaire inférieure, qui créent un champ magnétique rotatif qui agit par un moteur électrique commandé par un dispositif électronique. La barre d'agitation (magnétique), normalement revêtue d'un film inerte comme le Téflon, est placée à l'intérieur du récipient et le récipient ou le récipient est placé au-dessus de la plaque.
Une fois en marche, la barre d'agitateur commence à tourner, propulsée par le moteur électrique qui déplace les aimants. La taille et la forme de la barre magnétique déterminent l'efficacité du processus d'agitation, en considérant une vitesse constante. Certains modèles d'agitateurs magnétiques disposent également d'un système de chauffage - certains vont jusqu'à 300°C - pour chauffer les échantillons tout en les agitant.